Oberstes Organ des Dekanates ist die Dekanatssynode, die i.d.R. einmal jährlich tagt. Sie setzt sich aus gewählten Mitgliedern der Kirchenvorstände und den Hauptamtlichen der Kirchengemeinden zusammen. Alle Kirchengemeinden sind in der Dekanatssynode vertreten. Hinzu kommen VertreterInnen kirchlicher Einrichtungen, wie der Diakonie, und kirchliche Mitarbeiter mit besonderen Aufgaben als beratende Mitglieder.
Die Dekanatssynode fördert die Zusammenarbeit der Kirchengemeinden untereinander und stellt sich gesamtkirchlichen und gesellschaftlichen Fragen. Sie vertritt kirchliche Angelegenheiten in der Öffentlichkeit und kann Eingaben an den Landeskirchenrat und die Landessynode machen. Die Dekanatssynode wählt aus ihren Mitgliedern den Dekanatsauschuss, der die Geschäfte der Synode zwischen deren Tagungen führt und Entscheidungen, die nicht aufgeschoben werden können, trifft.